Khế Ước Trường Sinh kể về mối duyên ràng buộc sâu đậm kéo dài suốt ba nghìn năm giữa Ninh Trường Việt và Tống Diệc Thu. Trải qua dòng chảy thời gian vô tận, họ luôn đồng hành bên nhau, cùng nếm trải mọi hỉ nộ ái ố của nhân thế và trở thành chỗ dựa duy nhất của đối phương. Khi bước vào thời hiện đại, cả hai bắt đầu suy ngẫm về ý nghĩa thực sự của sự trường tồn. Trong hành trình tìm kiếm nơi thuộc về trong tâm hồn, quá khứ bị che giấu suốt hàng nghìn năm cùng những nhân duyên phức tạp chưa được hóa giải dần dần được hé lộ. Đối diện với những dư âm của lịch sử và biến động của hiện tại, họ buộc phải đưa ra lựa chọn cuối cùng về tình yêu, số phận và nơi mình thuộc về, đồng thời hoàn thành cuộc đối thoại sâu sắc với thời gian và chính bản thân.