Sau nhiều năm được che chở khỏi thế giới loài người, anh em nhà Rùa lên đường chinh phục trái tim người dân New York và được chấp nhận như những thiếu niên bình thường thông qua các hành động anh hùng. Người bạn mới April O"Neil giúp họ chống lại một tổ chức tội phạm bí ẩn, nhưng họ sớm gặp rắc rối khi một đội quân dị nhân được thả ra tấn công họ.